「重複」は「じゅうふく」じゃなくて「ちょうふく」だろ！　とか「代替」は「だいがえ」じゃなくて「だいたい」だろ！　というのは定番だけど、この手の本当は"慣れない"読み方が"正式な"読み方だけど、"間違った"ほうが定着した結果、そっちも"正しい"ということになった、みたいなのを慣用読みという。
「重複」「代替」あたりはまだ慣用読みじゃないほうが優勢気味だけど、かなり慣用読みに押されてきている。
実のところ、何をもって「正しい」と言うのかはかなり微妙なところで、「輸入」は「しゅにゅう」が"正しい"し、「捏造」は「でつぞう」が"正しい"(「捏ち上げる」でぎり残っていると言えなくもない)し、「消耗」は「しょうこう」が"正しい"(こっちは「心神耗弱」(しんしんこうじゃく)が残ってるけど)が、もはや市民権を維持しているとは言えないだろう。
特に「消耗」は「毛」って入ってるんだから「モウ」って読むべきだろ！　ってのはお隣韓国でも同じらしい（소모ソモ）。

翻って、「重複」のほうは「チョウ」と読むのは「慎重・貴重」など「重んじる」などの意味が多いのに対し、「多重・重箱」など「重なっている」という意味では「ジュウ」という読むのが多いのことを考えると、「じゅうふく」にもけっこう分があるという気がしてくる。
「代替」も「替える」という意味の熟語で「タイ」と読むのはせいぜい「交替」くらいしか思いつかない一方で、「両替」「振替」「替え玉」「替え歌」など訓読みの「かえ」のほうが優位である。となると「代替」を「だいがえ」と読むのもわりと分がある気がしてくる。