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免疫回避ACE binding 予測

JN.1に注意

(Raj博士)

BA.2.86 #Pirola 茨城県
検体採取日　9/8
登録日　9/26

BA.2.86症例数は現在23件。
ヴァージニア州の一件は日本からの旅行者。

スウェーデンから新たに4件の症例が加わっている。

また、ニューヨーク市の下水から検出され、こちらは症例としてはまだありませんが、ニューヨーク市の健康局から声明が出ています。

NYC Health からの声明より概略

BA.2.86がNYCの下水からBA.2.86が検出された。まだ住民からのサンプルからはまだ見つかっていないが、ほぼ確実にここで循環している。
この変異株は以前の感染やワクチンからの免疫を回避する可能性が高い。が、深刻な病気になる兆候は現在無い。監視中。
症例が増加するとハイリスクの人にとってますます予防が重要になる。マスク、検査、具合の悪い時は家にいる等。ワクチンを最新にしておく。ワクチンと既感染からの抗体は、全ての循環株に効くPaxlovidのような抗ウィルス薬同様、ある程度の保護を提供し続ける。

(、、、だそうです。)

Collection 42 updated Aug.24

https://cov-spectrum.org/collections/42

BA.2.86
現在世界で9件。
アメリカのバージニア州で出た一症例は日本からの渡航者。検体採取日8/10、
空港検疫にて。症状は無症状だった。
(🇺🇸の国際空港で空港検疫を継続しているのは七カ所。バージニアだと、Wasingon D.C.のダレスとロナルド•ローガン。)

BA.2.86要約

Jesse Bloom博士の分析の一部より。

※BA.2.86の抗体エスケープ

左図:Covidを含む一般的な呼吸器ウィルスの症状プロファイル。

右図: SARS-CoV-2 VOCによる症状プロファイル(WT、α、δ、オミBA.1、BA.2、BA.5)

Covidと発熱：「平均すると、COVID-19感染者のうち発熱を報告したのはわずか17％であった。しかし、この割合はSARS-CoV-2の変異体によって異なっていた。」

(急性期症状のうち、元々発熱はそう多くない。これを見ると、咳、頭痛など風邪のような症状で感染を疑うのが正解のように見えますよね。)

(ここでこれをアップして来るX TwitterのCoronaHeadsUp さん、流石だわ🤔前ツイでもZoeレポートに触れてるし)

日本のみデータ抽出。2023年第25週からの表示になっています(私の都合上w)
29、30週目(7月第3、4週)はまだデータが足りないと思います。

Flip変異: L455F＋F456L
グローバルデータ　in 2023から日本の部分↓
左から右に繋げて見て下さい。

Raj博士のデータより。

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#OkinawaCovid
3/3

#OkinawaCovid
2/3

GueliさんやHoney さんが、沖縄での今までの大サージがXBB.1.16*主導でEG.5*ではなかったと結論づけた、8/2にGISAID登録された四百数十のシーケンス詳細。(5月までは遡って見ておりませんのでご了承下さいませ。) #OkinawaCovid
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XBB.1.9*系統のみ抽出。
FL.10.1とEG.4がちょっと目立つ感じだけれども、シーケンス数がやっぱり足りないわ。

EG.5*系統のみ抽出。
EG.5.1しか無いですね。5.2は無い。

東京の変異株シーケンス、7/26まで出てますね。でもまだとてもシーケンス数が少ないので(ただでさえ少ないのに)薄く参考程度かもしれません。

こちらがXBB.1.16*系統のみの詳細になります。7/1から同日複数登録の多いのはXBB.1.16です。7/10の7件とかってどこで起きていたんでしょうかね。
でも、このXBB.1.16*系統は気になります。東京も何となくEG.5*の勢いが停滞気味に見えました。もうシーケンス少ないし😒