@syuilo おおむねそうだけど、PDFとして普通に見える部分とは別に、AIファイルとしての編集可能でIllustratorの内部表現特化した部分は埋め込みになってて、これがあるかないかで開いた時の結果が変わるよ。

IllustratorでPDFをひらいた場合、それがIllustrator由来のPDFだと編集可能な内部情報があるのでそれで開くけど、それ以外だとPDFを解析したもので開くので、文字がバラバラになっていたり、全体をクリッピングマスクした状態になっていたりするよ。