@uzusari どのサーバ(他インスタンス)にブーストされたかは元のサーバが把握しているので、元toot消去した際に、把握している全サーバに削除されたことを伝えます。
ほとんどのサーバは、投稿の削除を正しく処理するので、投稿もブーストも消えます。
消えないケースというのは、長期間ダウンしていて削除を受け取れなかった場合や、どこか壊れている不具合のあるサーバです。
消えない可能性が0.1%でもあることをもって、マストドンでは投稿消えないよ、という注意がなされていますが、少なくとも通常は消えるように作られていますので、どこまで徹底したいかを考えてご判断ください。