@joojak app/javascript/styles以下にあるscssファイルを書き換えて、インストールやアップデート手順にあるように、bin/rails assets:precompileすることで反映させます。
こちらの記事も参考につけておきますね。https://blog.noellabo.jp/entry/mastodon_make_custom_theme
様々な目的に使える、日本の汎用マストドンサーバーです。安定した利用環境と、多数の独自機能を提供しています。