twitter は管理運営しているのが1社です。
Misskey（含む Mastodon、Pleroma）はサーバごとに管理者や規約が異なりますが、それぞれのサーバ間でメッセージのやり取りができます。
twitter は Google 検索で見つけることができます。
Misskey などは基本的にはサーチエンジンの検索結果には表示されません（サーバごとの設定により例外あり）
twitter はユーザ数が多いので多くの人と繋がれます。
Misskey などはサーバごとに村になっていて、サーバ内でのやり取りがメインです。リモートフォローもできますが、リモート宛のメンションも所属サーバの TL に表示されてしまいます。
