Mastodon v3.2.0からの流れは、ざっとこういう風になっています。

mainというのが、文字通りメインです。

開発成果はここに積み上がっていき、特定のタイミングでバージョン番号を付与して（タグを切って）リリースされます。

stable-x.xというのは安定版が枝分かれしたもので、mainとは切り離して管理され、そこからリリースされることがあります。

これは、まだ最新版をリリースできるタイミングではない時に、とはいえこの修正適用したバージョン出さないとマズいな、という場合に、必要なものをmainから逆輸入（バックポート）するために作られる枝（ブランチ）です。

枝分かれしたものからmainの新しいバージョンに対しては、連続性がないので、直接アップデートできません。

何も改造してないのであれば、単にmainブランチに切り替えてしまえばいいのですが、

ここに自分なりの修正を加えていた場合は、それを元のブランチに移植する必要がでてきます。

mainとstable-x.xを別々に管理し、両方に同じ修正を適用しておくのが吉です。