Mastodonのクライアントアプリは、登録したサーバから通知を受け取るために、通知を中継するための中継サーバを維持する必要があります。

Tootleで通知が届かなかったり、二重に届いたりする不具合がおきやすいのは、Tootleの利用者が比較的多く、しばしばサーバがダウンしていたり負荷で動作がおかしくなっているためです。

他のクライアントアプリでも事情は基本的に一緒です。通知が安定しているアプリもありますし、サーバ側からみると頻繁にエラーが起きている常連の中継サーバもあるというのが実情です。

クライアントアプリを無料で提供するのは良いとしても、中継サーバの維持にもコストがかかりますので、ここを手厚くしたくとも、原資が不足したりします。

アプリ内課金や寄付である程度まかなえているかと思いますが、強化するのは厳しい面もあります。