@emb Mac用ですが、The UnarchiverにドロップするとPDFの内部に埋め込まれている画像を抽出してくれるので、これを使ったりしています。透明部分を含む場合は画像本体と透明部分が2つの別々の画像に分解されるので統合する必要がありますが、概ね欲しいものはすべて手に入る感じです。

あるいは、拡張子PDFにしてAcrobatで開き、最適化保存して、その際にIllustratorの編集可能データ部分をわざと除去し、プリフライトなどで埋め込み文字をアウトライン化し（必要に応じて）、これをIllustratorで開きます。

Illustratorデータとしての部分はもう無くなっているので、純粋にPDFとして解析するようになり、埋め込み画像などが拾えるようになるので、元のIllustratorデータに必要な部分だけコピーして持っていくなどの方法で、不足を補います。

まぁ、こういうバッドノウハウはあんまり人には言わないたぐいなのではないかと思いますw