Mastodon v3.3.0rc1にアップデートを行う際は、くれぐれもリリースノートの手順をよく確認してください。
なお、今回のリリースノートには、ソースコードの更新を行う手順が抜けているようです。
前回リリースされたv3.2.1はv3.3.0の直接の祖先ではないため、git pullやmergeを行うと、変更の競合(コンフリクト)が発生します。
特にソースコードに手を入れていない方は、
git fetch && git checkout v3.3.0rc1
としてください。
改造している方は、一度v3.2.0の状態まで戻してからv3.3.0rc1にされることをお薦めします。
残りの手順はリリースノートに従って下さい。