@mametsuko@misskey.mametsuko.net sudo -e /etc/letsencrypt/renewal/misskey.mametsuko.net.conf

このファイルに、更新時にどうやって証明書を取得するかが書かれているんだけど、

dns_cloudflare_credentials = /etc/letsencrypt/.cloudflare_credentials

って感じにフルパスになるべきところが

dns_cloudflare_credentials = .cloudflare_credentials

とかパスが間違って記録されていると思う。