#fedibird 未読表示がクリアできない件、まだ解決はついていないのですが、概ね状況は見えてきています。

対処方法ですが、通知欄を一番上にスクロールし、必要なら✓を押してクリアした上で、WebUIからユーザー設定を開いてください。

ユーザー設定の中での操作は不要です。ユーザー設定に入る際（WebUIがアンロードされる際）に未読位置がmarker APIによって記録されるので、WebUIに戻ると解消されています。

この問題は、iPhoneやAndroidでWebUIを使用している人、macOSでSafariを利用している人に顕著に発生しています。