Mastodon v3.0.0から、ホームと通知の未読（読了位置）管理を行うためのmarker APIが搭載されています。

最後に読んだ投稿または通知のIDを取得・設定する仕組みです。

WebUIの場合、アプリやタブを切り替えたりして、WebUIから離れるタイミングで記録されるようになっています。

ホームの未読位置は活用されていないので存在が空気かと思いますw（何か画策されているようです……）

通知の未読位置ですが、未読の通知に青いボーダーラインを表示するようになりました。

WebUIを開いた時に未読がわかるのは便利ですね！

通知の未読の更新・クリアは、通知カラムを一番上までスクロールしたり、通知カラムタイトルのチェックボタンを押したりしたあと、フォーカスが外れたり通知カラムをマウントしたタイミングで切り替わります。

marker APIと同様、見ている最中には作動せず、違うアクションを取ったときに作動するので、タイミングが解りづらいかもしれませんね。