インデックスを再作成するタイミングで重複レコードが見つかるなど矛盾が発覚することもあり、統合したり切り捨てたりして問題の無い状態に直すのに人手がかかったりします。

まぁ、壊れてたの見つかるのはいいんですけど、アップデートしようとしてた時に出てくると、メンテが伸びたり、メンテが終わるとメンテが始まる、などのおなじみのアレになったりします。