これは、ローカルやリモートのユーザーアカウントを保存している accounts テーブルに、ユーザー名とドメインが同じレコードが重複して登録されていないかチェックするコードです。
もし重複が報告された場合、アップデートの際にエラーが発生して立ち往生しますので、対処できるまでアップデートは行わないでください。
問題の報告と解決方法については、本家Githubのissueに記載があります。
https://github.com/tootsuite/mastodon/issues/14443
問題が発生していて対処を自分で行えない場合はご相談ください。