削除済みのインデックスをPgHeloが指摘するのも分からんけど、チェックに時間差があるのだとしたら、マイグレーション前にPgHeloに再チェックとかさせてないのかな。できるのかどうかも知らんけど。DB定義をコードできっちり管理し過ぎると、まあいじってるやつが悪いということになってしまうので、こう色々と自由度が下がるというか、レールから外れることに対して茨の道過ぎるというか。