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MySQLで SELECT COUNT(*) FROM TABLEが遅い理由は、レコード数やパラメータ設定、マイナーバージョンでの仕様変更など様々。詳しくはSummaryをご確認ください。
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Why SELECT COUNT(*) FROM TABLE Is Sometimes Very Slow in MySQL or MariaDB
percona.com/blog/why-select-co

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