ドメイン名は末尾に.をつけた名前も有効（というよりもそれが正式）なのだが、WebサーバのVirtualHost設定などで末尾に.をつけたexample\.com\.を有効にしている例はそうそうない。SSL証明書はどうなってたかな。
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Trailing Dots in Domain Names
http://www.dns-sd.org/trailingdotsindomainnames.html
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