コマンドプロンプト版
perl -MEncode::Locale -MList::Util=shuffle -E "binmode STDOUT, ':encoding(console_out)'; say Encode::decode(cp932 => 'フルーツ') . join '', shuffle split //, Encode::decode cp932 => 'ポンチ';"
コマンドプロンプトの文字コードがｃｐ932だから文字列リテラルもｃｐ932、つまりソースの文字コードがｃｐ932です。昔使えてたｅｎｃｏｄｉｎｇ指定は今時のｐｅｒｌでは廃止していて使えない。なもんで文字列リテラル毎にｐｅｒｌの文字コードＸ（なんか格好いい）にデコードして処理します。
Ｌｉｎｕｘコンソール版
perl -CSD -Mutf8 -MList::Util=shuffle -E "say 'フルーツ' . join '', shuffle split //, 'ポンチ';"
コンソールの文字コードがたまたまｕｔｆ８なのでその辺の変換処理を省略、コマンドラインオプションで標準入出力をｕｔｆ８に指定しました。この手のコマンドラインでＬｉｎｕｘとＷｉｎｄｏｗｓに使えるケースを知らない(´・ω・｀)
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ネットで検索して出てくるブログにある記事は大抵ＷｉｎｄｏｗｓかＬｉｎｕｘのどちらかしか使っていない人が書いているのでどっちで動くコマンドラインか書いてないので他方で動くと思って実行するとまあ失敗する。
どっちでも動くスクリプトならなんとかできる。
#!/usr/bin/env perl
use v5.26;
use utf8;
use warnings;
use strict;
use Encode::Locale;
use List::Util qw/ shuffle /;
binmode STDOUT, ":encoding(console_out)";
say "フルーツ@{[join '', shuffle split //, 'ポンチ']}";