@yushin おそらく出版社によって様々だと思うのですが、ざっと印税報告を見た限り、私の場合は割引分は出版社（Amazonも？）負担のようです。電子書籍は売れた分だけ印税になるので、割引でも部数が売れる方が著者としては嬉しかったりします。