@tongpoo Misskeyサーバーの立て方でいろいろ検索してみました。
ドメインの設定というと、
『取得した独自ドメインをVPSのIPアドレスと紐づける』
という項目で躓いている可能性があると思います。
違ってたらごめんなさい。

https://yagokoro-lab.com/misskey-server/

https://hayamizbg.net/misskey-instance-setup/