Denoは最初に出た時と今は依存関係を管理する方法が大きく変わって、古いドキュメント（1年前くらい）を見ると混乱する事が有ります。現在は基本的にJSRとnpmという二つのパッケージレジストリをサポートし、deno add等でパッケージをインストールする方式です。