@cosphi とつぜんですみません。とりあえずひと息ついて、落ちついたら、操作内容をメモしながら作業を再開するのもいいかもです。
エラーメッセージから妄想すると、プリコンパイルの時にJavaScriptとして読まれているファイルの内容が変になっているのかもしれません。エラーメッセージの近くにファイル名があれば、そのファイルの中身を確認してみると何かわかるかもしれません。
node_moduleディレクトリの中の場合はnode_moduleディレクトリの名前を変えて(ディレクトリごと消してもよいのですが、念のため別の名前にして保存しておいて)手順の最初からやり直しても良いかもしれません。
鯖缶工場のDiscordに参加すると誰かからもっと具体的な助言を得られるかもしれません https://discordapp.com/channels/480731529073524736
これからオフラインになってしまうのであまりお手伝いできませんが、焦らず作業を進めていただいて、うまく更新できるとうれしいです。