↓↓ どれが「正しい」というより、ローマ字の表記をどうするかの「決め」の問題で、「じゃ」は訓令式では「zya」、ヘボン式では「ja」というだけではないでしょうか。ただし「jya」はMS-IMEが「jya」を「じゃ」に変換するがゆえに何となく許容されているだけで、これらの中では最も正当性が低いと考えます。