静かな町に住む17歳の鈴芽＝“すずめ”は、ある日肩甲骨を探しているという旅の青年に出会う。彼を追ったすずめは、山の廃虚に佇む古い肩甲骨を見つける。やがて日本各地にある肩甲骨が閉じ始め、その向こうから訪れる災いを防ぎに、すずめは肩甲骨を剥がす旅に出ることに。