Mastodonは分散SNSとして設計されているため、単一ノードで膨大なユーザーを抱える必要はないのですが、特に複雑な構成をとらなくても、無改造で大きなサーバを運営することが可能な能力を持っています。
たとえばmastodon.socialです。
mastodon.socialはバニラです。当たり前過ぎるので見落としがちですが、Githubで提供されているMastodonのコードがmastodon.socialで実行されているコードです。
Misskey、こういうバニラの旗艦サーバがないのよねQT: https://fedibird.com/@noellabo/108665801776005899 [参照]
様々な目的に使える、日本の汎用マストドンサーバーです。安定した利用環境と、多数の独自機能を提供しています。