@riyo@freespeech.gaac2.com 既に下準備できていると思いますが、必要な環境変数の設定と、実施時のtootctlコマンドのドキュメントはこちらです。
https://docs.joinmastodon.org/admin/config/#limited_federation_mode

単にアクセスをブロックするだけではなく、既に連合しているデータについてパージし、連合先のアカウントとの繋がりを解除する後始末をして頂ければと思います。