Mastodon v3.0ですが、直近でRuby 2.6.4を使うようにcommit入ってます。

あらかじめ準備しておくならこれね。

RUBY_CONFIGURE_OPTS=--with-jemalloc rbenv install 2.6.4

さくらのクラウド / VPS のスタートアップスクリプト勢は、CentOSのgccのバージョンがらみでひっかかりそうなので、先に格闘してくれている @S_H_ さんの記事をみておくべし。
https://gamelinks007.hatenablog.com/entry/2019/09/24/230840

Mastodonのアップデート、ちょっとした問題（さりとて重大でなかなか超えられない壁）が頻繁に訪れ、私も四苦八苦してきましたが、 @west2538@tokamstdn.jp さんの記事には何度も助けられています。おすすめ。
https://note.mu/west2538/n/ne52c57340555