皆さま、お騒がせしてすみませんでした。
限定ホームの機能を有効にすると、ダイレクトの投稿が分離されるだけかと勘違いしていました。フォロワー限定や相互フォロー限定も通常のホームに流れてこないということで正しい挙動でした。
アプリの方は、限定ホームの機能に対応しておらず、ホームに流れてきたということだと思います。
#fedibird