クエリー実行だけならRDS Data APIが使える。RDS Data APIに対応したクライアントアプリってあるんかね。AWS SDK対応が必要だからそこまでしてるアプリは少なそう。
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踏み台EC2を無くすためにAmazon Aurora MySQLのRDS Data APIとCloudShellを使ってみた - Qiita
https://qiita.com/generokenken/items/4eb5cfd61d4585b2dcea
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