これ自動か手動かの違いだと思う。HTML+CSSは自動でレイアウトさせるために論理と制約を記述するし、グラフィックソフトでは手動なので論理は暗黙的になる。
組版はその中間の半自動くらいで、完全に手動だと手間がかかりすぎる場合が多いので自動化されてる部分も多いけれども最終確認は目視で行うイメージ（よく知らない
印刷でなくてPDF生成なら完全自動の場合も多いかな
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WYSIWYGは手動ならいいけど、自動化との組み合わせが難しいってことが問題なのかな。レイアウトの論理を記述するならテキストベースが良くて、WYSIWYGでそれをするのは今のところ難しい
