自分も法学部出てかなり経つから解釈の妥当性に関しちゃ眉唾で読んでもらいたいが、判決のポイントはこの辺かな。

・トイレの使用を指定できるのは人事院なので裁量権の逸脱（＝人事院がトイレ使用の是非を判断した場合の違法性は争ってない）
・他職員からの意見をちゃんと聞いてない、雰囲気で判断するな（＝他職員から懸念が明確に上がってた場合の違法性は争ってない）
・別の階使ってもクレーム上がってこなかった（＝他の階を使ってクレーム来た場合の違法性は別）
・クレーム上がってこなかったのにトイレの使用階制限するのはNG（＝トイレ使用を一律NGした場合の是非は別）