そういえば書き忘れてたけど、商業的な (ビズィネスの) 動機ではむしろ機械可読性は落とす方向に向きがちで、つまり「我々の意図した見た目を寸分違わずユーザに見せたいのであって、ユーザが勝手に弄るのなんて認めねえぞ」というわけですね。
だから近年のサイトの機械可読性が落ちていると思うのなら、それは技術的劣化というより金銭的な動機が強まっている可能性もあると思います。
典型的には広告と本文の区別をつきづらくしたり、広告隠しを禁止したり、スクリプト実行禁止ではページを閲覧できないようにしたりなどです