Mastodonは海外発、Misskeyは国内発っていうところの違いも大きいんじゃないかな、
基本言語が英語/日本語の差でリーチする範囲は大きく変わったんではなかろうか、という推測。

飽くまでも個人的な観測範囲での話だけど
Mastodon→サーバ分けの理由が主に主義や思想。政治話メインっぽいtoot.blueやいわゆるLGBTQ関係のを掲げたところもありましたな。
Misskey→サーバ分けの理由がジャンルってところが多い気がする。政治思想を疎んじる気質が大きいのは、Twitterでその手の諍いで被害を被ったり、揉め事を嫌って移住したユーザが多いからかも。