公式サイトに
「ルートドメイン(example.comなど)を利用する場合はHostdon指定のネームサーバーに変更する必要があります．
申し込みのドメインに対してDNSレコードの設定をしている場合は，CNAMEレコードの挿入のみで済む，サブドメイン(mstdn.example.comなど)での申し込みを推奨します．」
ってあるから、登録して送られてきたCNAMEレコードをサブドメインにしたいホスト名で登録すればいけるのかな…？って気がしてきたけど自信が無いかも