件の出来事は、Android端末がSDカードを外付けメディア扱いしてしまい"Android"というフォルダを勝手に作るからっぽい。
WindowsのPCに接続したときにはそういった事象がなかった。

Android端末には写真をWi-Fi経由で転送することを徹底。
また、撮影結果が待ち切れなくても絶対にAndroid端末には接続しない運用をすれば大丈夫そう。

原因が分かってよかった。