本文を1からでも3からでも実質変わりはないんで、これはホントに好みですね。
入稿ファイルを書き出しする時に、ページ番号（ノンブルの数字）とファイル名の数字は一致させてね、てとこが多いはずなので、
そこだけ守ればどちらでも。

本文20p＋表紙4p、とかで計算する時に、連番で1〜20が続いてる方が数えやすいかな、くらいの好みです。