私は本文の開始ページを1からにしたいので、
「同人誌入稿」でタワーを建てた後に
ノンブルの開始番号をこのリンクの手順で変更してます。
ここをイジると同人誌入稿に適したデータになってるかチェック出来なくなっちゃいますが、建てる時に原稿規格を間違いなく設定出来てて、後からイジらなければ問題ない筈です。

https://www.clip-studio.com/clip_site/support/help/detail/svc/53/tid/85045