MastodonからMisskeyユーザーをフォローする際、互換性の問題として、
・投稿についている絵文字リアクションが見えない+絵文字リアクションできない
・横長の絵文字が縮小表示されて小さすぎて読めない
・引用が直接見えない
・5枚以上画像が添付されているノートがあっても、5枚目以降が見えない(+そのことに気付かない)
・MFMという装飾テキスト表現が意図した表示にならない
などがあります。
Fedibirdでは、このほとんどに互換性があるため、Misskeyユーザーとやりとりし易くなっています。(MFMには未対応)
misskey.ioなどMisskeyサーバに登録した方がいいのか……でもMastodonの方が慣れていて使いやすいし……という話はよく聞きます。
その場合、fedibird.comからリモートフォローしてコミュニケーションするという選択肢もありかと思います。