…色々試してわかったこと。
最新の3.0.1ベースのl4tUbuntu,Android Pie共に直接インストールしても当方の環境ではうまく動かない。
パーティションはSwtichが認識可能な特殊な構成をしているようで、この状態を使うことでGPTのように5つ以上のパーティションを作りつつSwitchでも認識できる、というようなことをしているらしい。
なので後から専用のもの以外のパーティションマネージャでパーティションを増減させると異常をきたしSwitch上では認識できなくなる。