というか、なんでインデザインはオリジナルデータを別で保持しないのか訳がわからんのよ……ルビや圏点などの付属情報をインデザイン内で一度いじるとテキストとして一元管理できないとか、ストーリーエディタの機能が貧弱すぎる。

テキストエディタじゃなくてデザインツールだからということなんだろうけど、流し込んだあとで手を入れることなんかめちゃくちゃあるじゃない！？
電子書籍がこれだけ活発になってきたら別の形式にすることだっていくらでもあるだろうがよ（そもそも紙だけでも文庫化するときとか合本化するときとかいくらでもあったはず）