現状ではVSCodeに限って言えば(Emacs等他はどうかは知らない)Nixの例えばdevshellなどが上手くVSCodeと上手く噛み合ってくれるかはかなり微妙で多分出来ておらず,おとなしくelanを入れるか,どうしてもクリーンな環境を保っておきたいならdevcontainerとかを使うのが良いと思う(Mathlib4のものを参照)
https://github.com/leanprover-community/mathlib4/tree/master/.devcontainer
様々な目的に使える、日本の汎用マストドンサーバーです。安定した利用環境と、多数の独自機能を提供しています。