私がやってる工夫は、描き出して3Dのレイヤー変換した後に統合→自由変形で歪ませたりしてます。綺麗すぎるパースを歪にする感じ。
フカンやアオリ、パースのキツいコマだとそんなに目立たない気がするし、収めたい絵に微調整するような感じです。

あとは、3Dに限った話じゃないけど、背景の線描がキャラより目につく時は背景レイヤーの不透明度を下げたりしてます。
これは好きな作家さんの真似。