WindowsのFork (fork.dev) でGit操作をするときの改行コードの扱いにずっと違和感があって、今ようやくその理由が分かった。
Forkはデフォルト設定だと内蔵のGitインスタンスを使うようになっていて、そのインストール場所の /etc以下にsystem-wideな設定を独自に抱えている。特にgitconfigのcore.autocrlfがtrueになっているのが問題で、Forkで操作したファイルだけ何故かCRLFに代わってしまうことがあるのはこれが原因だった。普通にProgram FilesにインストールしたGitを使わせるようにしたら (たぶん) 解決した。