Mastodonの公式アプリが公開範囲に未収載を指定できないのは、そういう仕様を意図して実装しているということで、溝がありますね。

本体の方で検索の範囲が限定されているのもそうですが、技術的に難しいから実現できていなのではない。むしろ、限定する方法を工夫して実装しています。