Mastodon v3.3.0 では SRI が導入されています。これは assets:precompile で作られた静的な CSS や JavaScript が CDN などで意図せず改ざんされていないか検証するブラウザの機能を使用しています。
ハッシュ値がマッチするか検証し、マッチしていないと CSS や JavaScript が読み込まれなくなります。
Cloudflare を使っている場合、 Speed > Auto Minify にチェックを入れていると、ハッシュ値が変わってしまい CSS や JavaScript が読み込まれず、WebUI が正しく表示されない事象が発生するようです。
これが発生する場合は、Auto Minify のチェックを全て外して、Cloudflare のキャッシュを全てパージし、ブラウザ側のキャッシュもクリアすることで解決するようです。
SRIについての詳細は↓を見てね
サブリソース完全性 - Web セキュリティ | MDN https://developer.mozilla.org/ja/docs/Web/Security/Subresource_Integrity