mstdn.jpは、おそらくデータベースのメンテナンスが必要です。
削除処理などに異常がみられるため、少なくともインデックスの張り直しは必要となるでしょう。重複データなどが発生している可能性もあり、その場合はmasterに最近マージされたメンテナンスコマンドが必要となるかと思います。
ただでさえ時間のかかる処理ですが、巨大なデータベースなので、どう実行するか工夫が必要です。
外科手術となるため、少なくともmstdn.jpのクローンを作成して予行演習を行う必要はあるでしょう。
就任早々、楽しい仕事が待っているに違いありません :-)
mastodon.cloudの事情は詳しくありませんが、同様の問題を抱えている可能性があります。きぼうソフトが前運営者から引き取った際には、そうしたデータベースの修復作業から始まった流れがあります。
幸い、ソースコードはほぼ無改造のバニラですが、まだ最新版になっていません。また、通知に関連してログインできなくなる不具合を抱えており、解決できなかったために無効にした経緯があります。
この原因を解明し、解消しなければなりません。
前向きな話としては、Sujitechが保有するFacebookやTwitterなど既存プラットフォーム上で暗号化した通信を実現するサービスをMastodonに統合する試みが当然あるものと思います。
他にも、明らかになっていない野心的な試みがあるのではないでしょうか。
ここからはより無責任な想像ですが、ここで良いパートナーとなれたなら、SNSそのものを再実装するプロジェクトに参加し、重要な役割を担うことになるかもしれません。