ウチはpip3でcertbot入れているので……

certbotとdns-cloudflareプラグインのアプデして

sudo pip3 install certbot certbot-dns-cloudflare -U

まぁ来年の9月まではAndroid 7.1以下に影響ないようにしておくか……

sudo certbot renew --force-renewal --preferred-chain "DST Root CA X3"

という感じです。

/etc/letsencrypt/renewal/fedibird.com.conf にrenewするときのオプションが保存されるので、一回実行すれば以降は certbot renew だけでOK。