Genome surveillance in Okinawa.
1st week of June - 2nd week of July
https://www.pref.okinawa.lg.jp/site/hoken/vaccine/kensa/gennomic-surveillance.html
重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2の付属タンパク質(Orfs)のマッピング
これは、EG.5.1を報告している日本の主要都道府県。岐阜県（26％）と山口県（26％）が、最近、強い成長をレポートしている。
都道府県レベルのサンプル数が非常に少ないので、データの解釈は困難。
注)Neherラボの変異株レポートというのは、皆さまお馴染みの、@CorneliusRoemer さんの変異株レポートです。
EG は別名XBB.1.9.2.1,で、"Hyperion"族である。幾つかの前の世代の変異に伴い、EG.5はF456Lのスパイク変異を獲得した。その後EG.5.1自体がQ52Hのスパイク変異を獲得した。
EG.5 は先月版のNeher Labの変異株レポートで最初に言及された変異株である。
EG.5は先ごろWHOの”Variant Under Monitoring" に指定された。
日本の変異株最新イメージ図。最も一般的な系統を示している。
EG.5.1(18%)は強い成長を示しており、現行の入院患者数のサージを駆動しているように見える。
岐阜と山口は26%
頑張っている山口県。
変異株推移(6/15-7/10)
7/18にシーケンス登録が7/10検体採取日の分までありました。検体採取日から8日で登録に到達。東京を抜いて日本最速。シーケンス数が充分かはともかく、頑張ってますよね。
Collection 42 (7/17)
東京の変異株推移(6/20-6/30)
Lineage frequency も一緒に出してみました。二枚に分かれてしまい、重なる部分もあるので見にくいかも↓
XBB.1.16*系統の頻度が減らないですね🙄
1.9*も気になるけど、2.3*系統が何気にずるずる頻度が上がっているのもなんだかね。
Covid-19に対する早期検査と治療は→入院か抗ウイルス薬付き自宅療養かの違い。症状が現れたらすぐにTestToTreatのサイトに行って検査して、もし適格なら処方箋をもらって、治療を始める。これがアメリカ方式。
令和5年3月16日付けで東京都から厚労省宛に出ていた要望書。
メモ。
SARS-CoV-2デルタとオミクロンは、オリジナルの武漢株と比較して紫外線に対する耐性が向上しているという事でしょうか。
波長254nmのUVなんて、今のコロナ対応UV殺菌機器ってほぼ254なんじゃ？🙄
ちょっとSummary and Conclusionsを見てみますと、
全体として、SARS-CoV-2は波長254nmのUV消毒に対して非常に感受性が高く、その速度定数は他のほとんどのウイルスや空気感染する結核菌の約2倍である。しかし、デルタ型とオミクロン型は、先祖代々のSARS-CoV-2ウイルスと同レベルの消毒を達成するために、約17％高いUV線量を必要とする。この違いの理由は、これら2つの亜種のゲノムにおいて、UV感受性のピリミジン塩基を含むRNA配列が欠失したためであることが示唆される。この紫外線感受性の違いは、上室紫外線消毒や病室の除菌など、さまざまな用途に重要な意味を持つ。
となっています。
気になるニュースand論文を読んでしまいました。えー、マジ？😱という感じですが、もうアカデミアや環境工学の方達からの後続の評価を待ちたいです。
「紫外線に対するSARS-CoV-2デルタとオミクロンの反応の違いを探る」というタイトルのトロント大学からの論文で、TwitterのThailand Medical Newsで紹介されていました。
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